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D013 FHIR 与 OMOP 数据转换

使用已经确认的术语映射,将时间线事件转换为 FHIR R4 暂存资源与 OMOP CDM 5.4 暂存数据,保留转换依据与限制。

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README.md

v0.2.0 修复发布

接收嵌套 Decimal 字符串并输出合法 JSON 数值;保留比较符、剂量/途径/频次及起止区间。生成有效 UUID fullUrl;FHIR 支持范围内检查实际数据类型和值集。时区未知的本地时刻不补时区:在标准日期字段保留日期,同时扩展保存源本地时间。默认不把处方医嘱、hold/stop、计划/排除/非患者事实当已发生暴露。仅输出 staging,不生成可直接导入完整 CDM 的承诺。

D013 is the deterministic representation layer after D012.

It emits:

  • FHIR R4 local collection resources;
  • OMOP CDM v5.4 staging rows;
  • one transform disposition per coded event;
  • warnings for anything withheld or incomplete.

It never posts to a server or writes a production database.

Key safety rules

  • no new medical reasoning;
  • no new terminology mapping;
  • no invented dates;
  • no hard-coded OMOP type concept IDs;
  • planned/refuted/negative facts are not converted into positive OMOP occurrences.

Test

python scripts/self_test.py

当前版本:v0.2.1

最终OMOP staging主键按表及canonical fact稳定排序后分配包内稠密正整数,并同步disposition引用。避免随机长数字哈希与身份证格式碰撞。该编号仅为包内暂存标识,不是跨包生产数据库主键,不可增量直接合库。

以SKILL.md顶部发布合同和references/repair-v0.2.1.md为准,历史自测描述不代表全面临床验收。

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医疗 AI · 产品与独立开发

刘浩南

关注医疗 AI 从 demo 到真实落地,聚焦产品化、商业化与院内工作流效率提升。

12年医疗产研经验,大湾区头部医疗AI公司前产品总监,独立开发者

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