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D012 医学术语与 OMOP 概念映射

将临床事实映射到可核验的医学术语和 OMOP 标准概念,保留多重映射、待确认项目及词表依据。

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Required: D011 patient_timeline_manifest.json D011 timeline_events.jsonl a local OMOP vocabulary index built from user-supplied OHDSI vocabulary files Optional: a local terminology alias bundle generated from licensed/of… 阅读本节完整说明
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正文

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README.md

v0.2.0 修复发布

本地索引与上游文件做 SHA-256 绑定;独立重查有效期、源代码、Maps to/Maps to value 的完整集合和一对多基数。外部导入先检查逐请求授权收据/查询摘要/允许来源,再验证;查询含标识符则拒绝。无官方词表只能明确接受未映射用于 staging,不能宣称标准映射已验证。

D012 separates terminology normalization from OMOP source-to-standard concept mapping.

Local-first

The bundled scripts never access the network.

Preferred path:

  1. use existing structured codes from upstream;
  2. use a local verified terminology alias bundle;
  3. verify against a local OHDSI vocabulary index;
  4. send unresolved concept-only requests to an explicit review/egress queue.

OMOP rule

A terminology code is not an OMOP concept_id.

D012 resolves:

source code
→ OMOP Source Concept
→ Maps to
→ OMOP Standard Concept(s)

One-to-many mappings and Maps to value are preserved.

Requirements

Python standard library only.

For OMOP mapping, the user supplies their own OHDSI vocabulary export. Restricted vocabulary content is never bundled with this Skill.

Test

python scripts/self_test.py

当前版本:v0.2.1

本模块既有运行逻辑保持;本次与其他模块统一发布0.2.1,并执行原有回归。不得仅凭版本号推断新增临床能力。

以SKILL.md顶部发布合同和references/repair-v0.2.1.md为准,历史自测描述不代表全面临床验收。

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医疗 AI · 产品与独立开发

刘浩南

关注医疗 AI 从 demo 到真实落地,聚焦产品化、商业化与院内工作流效率提升。

12年医疗产研经验,大湾区头部医疗AI公司前产品总监,独立开发者

医疗 AI 产品化医疗 AI 商业化院内工作流效率
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